Il y a 243 ans eut lieu la dernière Guerre Sainte qui opposait Athena et ses Saints à Hadés et ses Spectres. Athena remporta la bataille et enferma les 108 Spectres à l'aide d'un sceau que Dohko, Chevalier d'Or de la Balance, était chargé de surveiller. Aujourd'hui le sceau a perdu en puissance et les 108 Spectres se réveillent afin d'envahir la Terre et d'y faire régner le mal.
Au Sanctuaire, un être mystérieux vêtu d'une tunique noire, recouvrant jusqu'à son visage, se dresse face à Mû, Chevalier d'Or du Bélier. L'homme ne semble pas inconnu à Mû et ce dernier en reste fortement troublé. Bientôt, deux autres hommes, eux aussi vêtus de noir, rejoignent le premier : il s'agit d'Aphrodite et de Deathmask, anciens Chevaliers d'Or des Poissons et du Cancer, morts lors de la Bataille du Sanctuaire. Ils sont tout deux protégés par une armure sombre : les Surplis des Poissons et du Cancer. Mû s'oppose à eux facilement grâce à son Crystall Wall, mais est vite dépassé par les événements, toujours troublé par le premier homme qu'il semble si bien connaître. Seiya arrive alors à sa rescousse et met Deathmask à terre. Mais à son grand étonnement, il est arrêté par Mû qui lui explique qu'Athena ne veut pas des Chevaliers de Bronze au Sanctuaire. Mû expédie Seiya dans l'arène grâce à son attaque Starlight Extinction, faisant croire ainsi à ses adversaires que celui-ci est mort ! Il se charge ensuite de Deathmask et d'Aphrodite, les réexpédiant dans le Royaume des Morts.
Croyant le problème résolu, Mû voit apparaître devant lui trois autres anciens Chevaliers d'Or et cette fois-ci la tache est plus ardue car il s'agit de Shura du Capricorne, de Camus du Verseau et de Saga des Gémeaux, eux aussi protégés par leurs Surplis respectives. L'homme toujours vêtu de noir paralyse Mû, permettant ainsi aux trois anciens Chevaliers d'Or de passer la Maison du Bélier en quête de la tête d'Athena. C'est alors que les douze flammes de l'Horloge du Sanctuaire s'allument : Dohko apparaît et libère Mû de la paralysie. Il s'adresse à l'homme en noir. Lui aussi le connaît puisqu'il s'agit de son ami : Shion, ancien Chevalier d'Or du Bélier, maître de Mû, et Grand Pope assassiné par Saga. Shion et Dohko étaient les seuls survivants de l'ancienne Guerre Sainte, il y a 243 ans.
Mû part à la poursuite de Saga, Shura et Camus pendant que Dohko affronte Shion. Dohko est vite dépassé face à la nouvelle jeunesse de son adversaire. Shiryu, qui a laissé Shunreï aux Cinq Pics, arrive pour aider son maître. Mais, même ensemble, ils ne peuvent rien face à Shion. C'est alors qu'apparaît l'Armure d'Or de la Balance protégeant ainsi Dohko d'une attaque qui lui aurait été fatale. Shion rit alors de Dohko car il parait impossible pour lui que Dohko puisse revêtir son armure avec son corps de vieil homme. Mais le vieux maître lui révèle qu'Athena lui a fait dont, il y a 243 ans, du Mesopothamenos : le ralentissement du coeur. Ainsi en 243 ans, le corps de Dohko n'a vieilli que de 243 jours. Son corps de vieil homme se craquelle et le jeune Dohko apparaît de nouveau face à Shion. Les deux hommes se lancent alors dans un combat qui les tuera tous les deux ou qui durera 1000 jours. Leurs attaques respectives projettent Shiryu à plusieurs centaines de mètres, et la confrontation de leur Cosmos ne laisse que fumée et poussière.
Pendant ce temps, Mû arrive dans le Temple du Taureau où Aldebaran est mort. Seule une petite lueur de son Cosmos survit en ce lieu. Alors qu'il décide de poursuivre son chemin en direction de la Maison des Gémeaux, Mû tombe face à face avec un spectre : Niobé de la Constellation de Deep, l'Etoile Obscure. Les deux hommes s'affrontent et, grâce au Cosmos d'Aldebaran, Mû parvient à battre son adversaire. Il continue ensuite sa route vers la Maison des Gémeaux, où un autre combat a lieu.
En effet, Saga, Camus et Shura font face à un homme portant l'armure des Gémeaux. Il s'agit de Kanon, frère jumeau de Saga, qui à désormais jurer de protéger Athena au péril de sa vie. Camus et Shura partent en avant laissant Saga affronter son frère, mais tombent dans le labyrinthe que Kanon a crée. Saga porte alors une terrible attaque à Kanon, dans la salle du Grand Pope, où il était réellement. Son illusion disparaît alors du Temple des Gémeaux et les trois anciens Chevaliers d'Or peuvent se diriger vers celui du Cancer. Pendant ce temps, Milo, Chevalier d'Or du Scorpion, a rejoins Athena dans la salle du Pope. Malgré les paroles de Saori, il s'oppose à Kanon, n'acceptant pas qu'un homme qui a causé tant de mal revienne au Sanctuaire. Il lui inflige les 14 premiers coups du Scarlet Needle sans que Kanon ne riposte. Ce dernier est prêt à risquer sa vie pour prouver qu'il est maintenant un vrai serviteur d'Athena. Milo feint de lui porter l'ultime et quinzième coup, l'Antares, et stoppe en fait son hémorragie, comme il l'avait fais contre Hyoga. Kanon est maintenant accepter par les Chevaliers d'Or; il est le Chevalier des Gémeaux !
Saga, Shura et Camus arrivent dans la Maison du Cancer où ils sont attaqués par des morts, qui ne sont rien d'autre qu'une illusion. Les morts ne cessent de se multiplier mais Saga en vient à bout. Pourtant, ils ne savent pas qui est l'auteur de ces illusions. Ils courent alors vers la sortie sans pour autant l'apercevoir, et après avoir courut pendant de longues minutes, ils se rendent compte qu'ils se trouvent dans la paume de Bouddha. Saga comprend alors qu'ils sont encore victime d'une illusion dont l'auteur ne peut être autre que Shaka, Chevalier d'Or de la Vierge. Saga lui porte sa plus terrible attaque. Son Galaxian Explosion par de la Maison du Cancer pour aller frapper Shaka dans la Maison de la Vierge. L'attaque est si puissante, et la distance si courte que le Temple de la Vierge est totalement détruit. Mais Shaka n'a pas une égratignure à l'intérieur de sa boule de protection. Il contre-attaque et c'est au tour du Temple du Cancer de voler en éclat. Lorsque Shiryu, Hyoga et Shun arrivent peu de temps après en ce lieu, les corps de trois Spectres sont au sol, morts de blessures qui ne leurs sont pas inconnues.
Mû arrive devant le Temple des Gémeaux et est subitement paralysé et projeté par une force invisible contre un des piliers. Des Spectres sortent de l'ombre et demandent à Mû où se trouvent Saga, Shura et Camus, disparus, alors qu'ils les suivaient pourtant à la trace. Devant le sourire de Mû qui se moque bien que tant de Spectres perdent de vu trois personnes, Gigant s'apprêtent à le frapper quand Seiya arrive et tente de frapper celui qui semble être le chef du petit groupe de Spectres : Gigant du Cyclope. Mais ce dernier esquive facilement le Pegasus Ryu Seiken et frappe Seiya avec une grande puissance. Il veut porter un coup fatal à Seiya quand une voix lui dit de stopper. Cette voix est celle de l'homme qui paralyse Mû : Myu du Papillon. Gigant et les autres obéissent et se dirigent vers le Temple du Cancer, sur les pas de Saga, Camus et Shura. Seiya et Mû font face désormais à Papillon. Celui-ci paralyse Seiya mais la volonté du Chevalier de Bronze est plus forte. Il parvient à se défaire de la puissante paralysie et sous les conseils de Mû, il part à la poursuite des Spectres. Mû et Papillon se livrent alors un combat et la Starlight Extinction du Bélier vient à bout de son adversaire. Seul un Fairy (un petit papillon du monde des morts) survit.
Les Spectres, toujours menés par Gigant arrivent face à Aiolia, Chevalier d'Or du Lion. Aiolia lance son Lightning Plasma et tue cinq Spectres d'un seul coup. C'est alors qu'arrive Laïmi de l'étoile terrestre cachée de Worm, bien décidé de s'opposer à Aiolia. Les autres Spectres passent Aiolia et alors que celui-ci s'apprête à les frapper, il est troublé par le Cosmos de trois d'entre-eux, assez pour permettre à Laïmi de le surprendre et de le bloquer grâce à ses tentacules en forme de ver. Gigant et les autres se dirigent maintenant vers le Temple de la Vierge. Aiolia se débarrasse de Laïmi sans trop de problèmes et est rejoins par Seiya, Shiryu, Hyoga et Shun. Ensemble, ils décident d'aller porter main-forte à Shaka.
Les Spectres se dressent désormais devant Shaka de la Vierge. Celui-ci sort de sa main un rosaire à 108 perles; autant de perles que de Spectres. Sur ces 108 perles marrons, 11 sont noires, représentant les 11 Spectres déjà morts. Sortis du fond du groupe, trois Spectres se dressent face à Shaka : Cube, Milz et Ox. En cumulant leurs attaques respectives, ils parviennent a effleurer Shaka, bléssé au front, mais la riposte de ce dernier détruit leurs armures laissant apparaître leurs vrai visages. Il s'agit de Saga, Shura et Camus qu'il décide alors de laisser passer. Une fois les trois anciens Chevaliers d'Or dans son dos, Shaka se débarrasse très vite de Gigant et des autres, en une seule attaque mortelle : Tenkuuhaja Chimimoryo ! Shaka s'adresse ensuite à ses trois anciens alliés et leur demande s'ils ont réellement trahis Athena. La réponse étant positive, il décide alors de les affronter et les conduits sous les arbres du Twin Sale, là où Bouddha s'est allongé pour mourir. En cet endroit, derrière le sixième Temple du Sanctuaire, se mène un combat sans mercis. Shaka se défend avec ardeur mais la tache est rude face à trois anciens Chevaliers d'Or de cette carrure, et alors qu'il attaque Camus et Shura, il échappe de justesse au Galaxian Explosion de Saga. Shaka n'a d'autre choix que d'utiliser sa plus terrible attaque : Le Châtiment du Ciel ! Il ne laisse d'autre choix qu'à ses trois adversaires, d'utiliser l'attaque ultime interdite par Athena elle-même : l'Athena Exclamation. Cette attaque permet à trois Chevaliers d'Or d'en abattre un autre et étant déloyale, Athena ne voulait pas qu'elle soit utilisée. Saga, Camus et Shura hésitant, Shaka leur ôte déjà quatre de leurs sens. Ne pouvant se permettre de mourir, les trois utilisent donc l'Athena Exclamation et tuent Shaka. Devant la porte menant aux Twin Sale se dresse Mû, empêchant ainsi Aiolia et les quatre Chevaliers de Bronze d'aller aider Shaka. Lui seul semble avoir compris que dés le début, Shaka avait décider de mourir lors de ce combat. Après l'Athena Exclamation, sous les deux arbres, l'âme de Shaka revient se poser et adresse un dernier message à Athena; un message aux lettres de sang sur les pétales du Twin Sale : Arayashiki ! L'âme de Shaka disparaît ensuite laissant les pétales du Twin Sale rejoindre Athena, toujours devant la statue à son effigie.
Lorsque Saga, Camus et Shura sortent du champs du Twin Sale, ils sont attendus par Mû, Aiolia, Seiya, Shiryu, Hyoga et Shun, rejoins ensuite par Milo qui à quitté sa Maison du Scorpion, ne pouvant rester sans rien faire face à la mort de Shaka. Les trois Surplis prennent de nouveau la position de la Trinité; ils s'apprêtent à utiliser de nouveau contre leurs adversaires l'Athena Exclamation. Mais ils ont oublié une chose : face à eux se dressent également trois Chevaliers d'Or. Mû, Aiolia et Milo prennent également la position de la Trinité; deux Athena Exclamation vont se faire face. La puissance de la collision des deux attaques interdites réduit en poussière une grande partie du Sanctuaire, mais l'énergie reste bloquée au centre car la force des deux Athena Exclamation est équilibrée. Soudain, la boule d'énergie repousse peu à peu Saga, Camus et Shura. Une force apparaît derrière les trois Chevaliers d'Or : c'est Seiya, Shiryu, Hyoga et Shun. Leurs armures réparées jadis par le sang des Chevaliers d'Or virent au jaune or et leurs attaques respectives, les Pegasus Ryu Seiken, Rozan Sho Ryu Ha, Diamond Dust et Nebula Chain repoussent la boule d'énergie vers les cieux.
De sous les débris des Temples ressortent Mû, Aiolia et Milo. Bientôt les rejoignent Saga, Shura et Camus, plus morts que vifs. Et alors que Milo s'apprête à les tuer une bonne fois pour toute, Athena s'adresse à eux. Elle leur demande de ne pas faire de mal à Saga et aux autres et de les amener à elle, au pied de la Statue d'Athena. Athena demande également à Kanon d'aller chercher pour elle, la boîte se trouvant sous le trône du Grand Pope et de la ramener. Lorsque Mû et les autres la rejoignent, Kanon donne à Saga la boîte en question. A l'intérieur se trouve la dague avec laquelle il avait tenter de tuer Athena 13 ans plus tôt. Pris d'incompréhension, Saga, sous les ordres d'Athena porte la dague jusqu'à la gorge de cette dernière, et la transperce : Athena est morte. Saga et les autres sont en pleure. Seiya et ses trois amis également. Tout espoir semble perdu aux yeux des Chevaliers.
Les quatre Chevaliers de Bronze arrivent au pied de la Statue d'Athena où le sang de Saori est répandu. Shion, qui semble s'être sorti de son combat contre Dohko, les rejoint. Il est vite attaqué par Shiryu et les autres, mais les Chevaliers de Bronze ne font pas le poids face à l'ancien Grand Pope. Celui-ci, après avoir calmé ses adversaires, leur explique alors toute la vérité. Saga, Camus, Shura, Deathmask, Aphrodite et lui n'ont jamais trahi Athena. Ils ont feins Hadés afin qu'il leur redonne une courte existence, et ce dans le but de porter un message à Athena; un message que seul Shaka avait compris. Pour battre Hadés, Athena a besoin d'une chose essentielle : son armure. Et seul Shion connaît le moyen de réveiller l'Armure Divine d'Athena. Il glisse alors ses mains dans le sang d'Athena se trouvant au sol et s'agenouille devant la Statue, lui implorant de réveiller l'Armure Divine. La Statue disparaît et laisse place à une minuscule statue représentant elle aussi Athena. C'est l'Armure d'Athena que seul le sang divin de Saori pouvait ressusciter. Shion jette ensuite le sang d'Athena sur les armures de bronze des quatre Chevaliers qui n'avaient pas été réparées depuis la bataille contre Poseïdon. Le sang divin d'Athena les fait rayonner et les armures se transforment : elles atteignent leurs version 3, leurs versions ultimes !
Shion leur confie une mission : apporter l'Armure d'Athena à Saori dans le Royaume d'Hadés. Celle-ci doit déjà combattre Hadés aux côtés de Shaka. Seiya et les autres doivent suivre les Cosmos de Mû, Aiolia et Milo qui sont déjà partis au Château d'Hadés, seule porte vers le royaume des morts.
Au Château d'Hadés, les trois Chevaliers d'Or font face à celui qui a renvoyé un peu plus tôt, Deathmask et Aphrodite en enfer : Rhadamanthys du Wyvern, un des trois Juges des Enfers. Mû, Aiolia et Milo ne font pas le poids en ce lieu face à ce Spectre et leur défaite est évidente, lorsque Shun sauve Aiolia d'une mort certaine. Mais les trois Chevaliers d'Or tiennent à affronter Rhadamanthys eux-même et disent aux Chevaliers de Bronze d'aller porter main-forte à Saga et aux autres. Ceux-ci sont face à Pandora, fidèle servante d'Hadés. Et lorsque les premières lueurs du jour s'apprêtent à les emporter, les Chevaliers de Bronze apparaissent afin de leur porter secours. Hyoga extermine Zelos, qui frappait Camus, son maître, et tous ont à peine le temps de faire leurs adieux à Saga, Camus et Shura. La courte étincelle de vie qu'Hadés leur a donné prend fin ici. Ils s'apprêtent donc à suivre Pandora quand Rhadamanthys arrive. Ce dernier qui semble s'être débarrassé des trois Chevaliers d'Or, les frappe sans relâche. Les coups de Seiya et des autres n'ont aucun effet sur lui. La volonté des Chevaliers de Bronze est forte et les aide à se relever maintes et maintes fois, mais leur adversaire est trop puissant. Seiya, seul Saint encore debout, parvient à atteindre le 8éme sens et frappe pour la première fois le Juge des Enfers avec son Pegasus Sui Seiken. Les deux hommes tombent alors dans le trou menant directement en Enfer, là où Pandora est descendue par les escaliers du Château.
Au Sanctuaire, Dohko appelle Kanon, revêtue de l'Armure d'Or des Gémeaux. Ils s'apprêtent, eux aussi, à aller aider Athena.
Shiryu, Hyoga et Shun ont perdu la trace de Seiya et tout autour d'eux, le Château d' Hadés s'effondre...
